A Diretoria de Extensão, Pesquisa, Pós-graduação e Inovação (DEPPI) trata-se do órgão responsável por coordenar as atividades dos respectivos setores da Extensão, da Pesquisa, da Inovação e da Pós-graduação. Tem por fim o fomento, acompanhamento e apoio das ações desenvolvidas pelo campus (servidores e alunos) em parceria com a comunidade externa.
Conforme Regimento do IF Sudeste MG – Campus Manhuaçu: a DEPPI é o órgão auxiliar da Direção-Geral que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades de Extensão, Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação no âmbito do Campus Manhuaçu.
Atualmente, a DEPPI do Campus Manhuaçu possui um setor auxiliar: a Coordenação de Extensão.