Diretorias Sistêmicas
As diretorias sistêmicas são departamentos que fazem parte da estrutura organizacional da instituição. Seus diretores são nomeados pelo Diretor-Geral. São órgãos responsáveis por planejar, coordenar, executar e avaliar os projetos e atividades na sua área de atuação, de acordo com o Regimento Geral do IF Sudeste MG - Campus São João del-Rei.
O diretor-Geral possui cargo eletivo, com mandato de quatro anos. É indicado pelo Reitor, por meio de processo eleitoral com a participação de toda comunidade acadêmica.
A Direção Geral (DG), órgão executivo superior do Campus São João del-Rei, é exercida pelo Diretor-Geral e, em suas ausências e impedimentos legais ou regulamentares, por seu substituto legal.